吴才茂的陆战第十一旅，已经完全荡平了大肚王国，建立以彰化城为代表的统治中心，但在此处，由于明军采用了高压政策，当地土著只是表面上归附，统治极不稳定。

北部地区，驻扎的是金会的陆战第十二旅，师长郑兴暂时也在这儿，西班牙人修筑的圣多明戈城和圣萨尔瓦多城都被明军接管，这里的百姓曾经受到西班牙人奴役，与南方的境况差不多，当地的百姓，无论是汉人还是土著，都是比较亲近大明。

郑芝龙要抹去西班牙人曾经统治过的痕迹，他将圣多明戈城依照附近的河流，更名淡水城，圣萨尔瓦多城改用原来的名称，鸡笼，但他认为，“鸡笼”这个名字，太过土气，难登大雅之堂，遂用了同音字：基隆。

三个陆战旅通过台湾西海岸加强联系，相互协作。

为了防止荷兰人与西班牙人从南洋派出舰队，前来报复，郑芝龙将南海舰队集中到大员港口，同时传令，滞留在广州与厦门的南海舰队余部，尽快赶到大员，与他汇合。

在清理财产的时候，郑芝龙发现，圣多明戈城与圣萨尔瓦多合在一起，都比不上一个热兰遮城，两城这仅仅搜出价值五十万两的金银，加上城中的财物和港口商船上的货物，价值也不过八十万两左右。

而热兰遮城一座城堡，就搜出价值一百二十万两的金银财物，如果荷兰东印度公司愿意用每人五百两赎买人质，又有三十万的收入。

西班牙在台湾的贸易，已经远远不如荷兰，由此可见，双方在东方的贸易对比。

在京师的时候，朱由检曾经口授郑芝龙，让他在台湾和南洋地区搜集西夷的火器、技术和书籍。

通过与大明的对比，郑芝龙发现，荷兰与西班牙的火炮，口径比大明的略小，射程也近，使用的还是实心弹，他们的火枪还停留在火铳阶段，比大明的燧发枪整整落后了一代，对大明没有多少借鉴作用。

在海军的舰船方面，西班牙在台湾仅有的几艘舰船，已经被郑兴一怒之下，全部击沉了，失去了比较的可能，荷兰的舰船，吨位比大明的广船小，火炮的数量却比广船多，结构上肯定有一些参考的价值，不过郑芝龙已经为大明找了一位精通造船技术的荷兰人斯特恩。

斯特恩现在已经去了福州的造船厂，参与大明的舰船射击，但郑芝龙还是将俘获的荷兰舰船开往福州，必要的时候给斯特恩作为参考。

关于科学方面的书籍，郑芝龙倒是搜出几本，主要是孩子们学习的书籍，他命人在荷兰人的协助下，翻译成汉语，为了防止翻译上的错误，郑芝龙是命令两套人马分别翻译，等完工后一并送至京师，但这个过程时间比较长，不是几天就能完工的。

郑芝龙给国防院发出军报。

在军报中，郑芝龙不仅汇报了台湾的战况，也汇报了剿灭大肚王国的事，最后，他向国防院建议，从福建抽调陆军驻扎台湾，南海舰队只能驻扎在大员，无法驻扎在整个台湾。

台湾战争顺利结束之后，郑芝龙遵守了自己的诺言，释放了荷兰驻台湾的最高长官普特曼斯，让他回到巴达维亚。