舰队在圣多明戈港口停息了两天，第三天清晨，开始沿着台湾的海岸线向东北方行驶，在越过最北方的拐点后，再向东南行进，郑兴的陆战队也随着杀向东面的圣萨尔瓦多城。

郑兴觉得，格尔曼死得实在可惜，如果格尔曼还活着的话，完全可以让科尔曼去招降圣萨尔瓦多城中的西班牙人。

郑芝龙可不这么看，万历三十一年（公元1603年），西班牙在南琉球群岛无辜屠杀了数万汉人，他才没准备接受西班牙人投降，西班牙加在汉人头上的罪恶，现在是开始归还的时候了。

在圣多明戈港口投降的二十多名西班牙士兵，暂时需要从他们口中得到一些西班牙的讯息，否则，他们早就被郑芝龙屠杀了。

临近午时，陆战队首先来到圣萨尔瓦多城下，不久，舰队也来到城外的港口。

圣萨尔瓦多城虽然立城比圣多明戈城早，但它在位置上属于台湾的东海岸，远离台湾西海岸的贸易航线，因此，无论是城堡的面积，还是附近的人口，都比不上圣多明戈城，港口内也没有舰船，只有几艘装满货物的商船临时停泊，不知道是准备卸货，还是准备远航。

不过，结果都是一样，南海舰队来到港口后，第一件事就是俘获了这几艘满载的商船。

在城外的西班牙商人士兵，见到大批不明身份的军队，他们一溜烟逃进圣萨尔瓦多城内，就连在城外劳作的汉人、土著，也跟在西班牙的后面，涌入城内。

郑兴来迟了一步，没有追上这些入城的人员，只好包围了圣萨尔瓦多城。

这一次，郑芝龙要亲自指挥攻城。

这一段时间的海战，除了第一次与荷兰人打了半天，南海舰队再也没有找到有份量的对手，郑芝龙十分不爽，这位海盗出身、从枪林弹雨中走过来的大明南海舰队司令，第一次发出感叹，舰队太强大了，让他失去了当面杀敌的痛快，独孤求败的确不是人当的。

但是，郑芝龙很快就发现，不痛快的事情接踵而至。

面对大批围城的明军，圣萨尔瓦多城的长官阿尔卡拉索的眉头，早就皱成了弯弓，他不认识明军日月军旗，实在猜不透这是哪一路的神仙。

但围城的人数太多，阿尔卡拉索开始以为，这是哪一部的土著，他派出一支五十人的士兵，出西城门问询和应战。

明军让出一条宽阔的通道，将西班牙士兵引至远离城门的区域。

当西班牙士兵进入燧发枪的射程时，还没开始问话，明军就开始射击，一波射击未完，西班牙士兵已经倒下四十多人，剩下的六七名士兵一看势头不对，赶紧撒丫子往回跑，但城头的守军担心明军乘机袭占城池，他们关闭了城门，任由这几名西班牙士兵自生自灭。