除了参加阁幕属扩大会议的重臣外，谁也不知道原因。

同时，林纯鸿还发布命令，海事都督府下，设立南洋总督府及孟买总督府。

南洋总督府，治所坤甸，负责吕宋、婆罗洲、爪哇、苏门答腊诸多岛屿之民政。

彭新就任第一任总督。

孟买总督府治所孟买，负责印度半岛区域内的民政及商贸，第一任总督乃陈力子。

林纯鸿又命令，将海事都督府的军事职能剥离出来，在广州单独成立海军都督府，下辖东洋舰队、西洋舰队、缉私队、龙虎军团、龙卫军团。陆世明任海军都督府都督，梁枫提了一级，任海军都督府副都督兼参军总管。西洋舰队司令由宋书陶接任，龙虎军团统帅由王大贵接任。

除了上述机构变化外，荆州高层的人事变化也很大。张兆就任都督府副都督、田楚云任都督府参军总管、狄威任都督府后勤总管。

鉴于江南各省陆续设立布政使司，林纯鸿命令取消江南总督一职，将郭铭彦调回荆州，就任职官司总管。

同时，林纯鸿将宋应星提拔一级，担任科教司总管，兼任行知书堂祭酒。

至于工程院，则由戴哲接管。

林纯鸿又在科教司下，成立科学院，由方以智担任院长。林纯鸿还专门设立格物基金，鼓励大明人从事基础科学研究。

郭铭彦不再兼任工商司总管，由郑天成接任。空出的财政司总管由薛一谦接任。

监察府内，增设一名副府令，由张杰夫接任，同时主管大理司，负责审理重大刑案。

……

任何人，在某一职位上呆的时间太久，总会冒出一些莫名其妙的问题。无论黄宗羲，还是熊文灿，都劝过林纯鸿无数次，说高层需要轮调。

林纯鸿一直以大局未定进行推脱。