然而，轩辕剑在地底沉睡不知多少年后，还是被人取出。

取出之人，名“禹”。

当时，天下洪水肆虐，毒蛇猛兽肆意出入，百姓流离失所，处处皆是饿殍浮尸，人间犹如炼狱。

禹为拯救天下苍生，违背了黄帝遗命，取出轩辕剑。

轩辕剑和剑灵应龙劈山通渠，让失控的江河之水重回河道，流入大海。

不仅如此，轩辕剑还斩杀相柳、无支祁、鸣蛇这些残留在人间的古妖，还天下安定。

九州一统，重归平静。

然则，轩辕剑既已出世，便不再甘心重回地底。

剑中执念所化的“姬轩辕”欲重回人间，执掌九州。

禹尝试重新封印轩辕剑，但无果；无奈之下，他只好重新寻回了古战神蚩尤留下的几件兵刃，在剑中黄帝魂魄的相助下，用远古神祇最后的神力，将轩辕剑一分为二。

禹以为用此法摧毁了轩辕剑，将之化为寻常兵刃。