南宋绍兴二十二年（1152年），东元县的香山镇分出，设立香山县（就是今天的中山市、珠海市和澳门）。

明万历元年（1573年），东元县守御千户所、编户56里立新安县（就是今天的深圳市和东方港），东元地域随之缩小。

清沿明制。

清朝，林则徐在东元销烟。

民国期间，东元县先后隶属广粤省粤海道、粤中行政区、第一行政区和第四行政区。

抗日战争时期，东元县是丁江纵队的抗日根据地之一。

建国之后，东元县属丁江行政区管辖。

1952年，属粤中行政区管辖。

1956年，属中州市管辖。

1958年11月，东元县曾短期隶属粤州市。

1959年1月，东元县划归佛州专区。

1963年6月，东元县又隶中州市管辖。

1985年6月，东元县经政务院批准列为经济开发区。