六月，延绥巡抚洪承畴，率兵击败起义军首领王嘉允，追击途中，再次击败起义军首领张献忠，大胜而归。

八月，朱由检以谋逆大罪，将袁崇焕施以凌迟之刑，兄弟妻子流三千里，籍其家。

京城民众欢呼雀跃，天下百姓呜呼哀哉。

崇祯四年。

正月，后金皇太极吸取教训，铸造红衣大炮，炮身铭刻【天祐助威大将军】，自此建奴拥有火器，开始利用其攻城拔寨。

三月，福建农民起义军揭竿而起，势如破竹，沿途未遇任何抵抗，朱由检忙派兵剿之。

八月，皇太极率清兵围攻攻大凌河，守将祖大寿被围于城内。登莱巡抚孙元化奉命派兵赴援，领兵大将孔有德临阵叛逃，攻回登莱，登州一度失守。

崇祯五年。

正月，孔有德攻陷登州，抓获寻死未成的巡抚孙元化等人，最终放归京城。孙元化回京被捕，定为罪首，百口莫辩。

六月，黄河决口，军民商户死伤无数，百姓无路可走，聚而造反。

七月，登莱巡抚孙元化失守定罪，被斩于菜市口，恩师徐光启救而不得，自此郁郁寡欢，病魔缠身。

九月，农民军高迎祥、罗汝才、张献忠、李自成分四面进击，连克十余州府县城，沿途杀人无算，朝野再次震惊。