上游连成一线。

贸易交换的正常运作需要辅助船队，他们负责将来自伊比利亚半岛的商品转运至各地并搜集须运回西班牙的货物。这需要通过周密的计划和准确的指挥将船队进行编组进行货物的运输。事实上，这种情况几乎没有出现过。

在加勒比海、南太平洋和北太平洋上各有一支辅助船队负责远至拉普拉塔河11和菲律宾的贸易航线。

美洲的辅助船队通常由中小吨位的舰船组成.其中大部分为“新世界”所造。

加勒比海船队所辖舰船大部分为古巴和卡塔赫纳的船厂所造，而太平洋船队的舰船则来自于墨西哥和基多的船厂，

加勒比海的美洲船队规模庞大，其中还包含舢舨、小艇、双帆船和大量往来于古巴、波多黎各、圣多明各、委内瑞拉、新格拉纳达王国以及其他中美洲和墨西哥城市之间的小型船只。事实上.单凭加勒比海航线，西班牙船队便可开展贸易活动。随着定居点的不断增加，加勒比海地区开始为欧洲生产和提供可可、蔗糖、烟草、靛蓝、棉花和皮革。这些日益畅销的产品随着加勒比海的船队到达了不同的目的港，流入了世界各地。

太平洋上的两支美洲船队唯宗主国西班牙马首是瞻.成为其阻止个总督辖区之间的交流、防止出现脱离西班牙管制的内部商路和避免白银外流至东方的工具。

南太平洋船队也被称之为“南海舰队”，其基地设在卡亚俄。该船队负责将波托西的白银和除委内瑞拉和哥伦比亚之外的南美所有财货运抵巴拿马城以便其随后转运至波尔多贝罗，同时从巴拿马城将欧洲运来的货物接驳回秘鲁。

为了防止秘鲁的白银落入海之手，南海舰队和西班牙大帆船舰队力求密切配合。北太平洋舰队的基地设在阿卡普尔科1，这里同时也是来自危地马拉、萨尔瓦多和尼加拉瓜的各种产品的集散地然而，马尼拉大帆船才是在这里做买卖的真正主角，这也使得新西班牙舰队的势力扩展到了太平洋海域。

吨位可达几百甚至上千的马尼拉大帆船负责在马尼拉和阿卡普尔科之间往来运输墨西哥的白银。在当时的亚洲白银是一种比黄金更为稀有的金属，其价值自然高居不下。

因而，用白银低价购进亚洲生产的各种奢侈品，转运至美洲和欧洲售卖以赚取高额利润也便成了顺理成章的买卖。这种船只可载二百五十人。为慎重起见，船上通常载有批士兵，数量可观的乘客也可在必要时协助开展防卫。两地之间的航程漫长而艰难;从阿卡普尔科出发需要航行五六十天，约两千两百里格的航程。起初，返航时为了利用“黑潮”通常从日本方向绕行。但自1596年遭遇日本海盗袭击之后船队改变了航线。通常情况下，七月份从马尼拉出发返航是最理想的，但有时会拖延到八月份一冉往后就无法出海航行了，必须等上