在文章中，李峰提出来，将化合物命名的标准，比如说一个碳原子和一个氧原子构成的分子组成的化合物，就叫一氧化碳，一个碳原子和两个氧原子构成的分子组成的化合物就叫二氧化碳。

这一篇文章的发表，顿时在学院里掀起了一阵大争论大讨论，无数人用实验去验证李峰的说法，也有人用想用实验来测试原子的质量。更有人还想改进显微镜，看看能不能看到原子。

朱由校看到这篇文章之后，也是十分震惊，急急忙忙就赶到皇家学院来找李峰讨论这原子的事情。

“李爱卿，你说的这个原子，是不是就是这个世界的本源？”朱由校自从看了这篇文章之后，成天满脑袋都是在琢磨这事情，一闭眼就有无数的原子飞过。

“陛下，微臣觉得是，但也不全是！”李峰笑着回答道：“微臣认为，这个原子组成了我们这个世界上物质，但是，或许那原子也是可以在分成更小的部分，但是这就需要我们继续去探索了。”

朱由校听到了李峰的话，接着又抛出了一个问题：“李爱卿，按照你这个理论，那这些原子又是如何组成分子的？为什么有些元素之间能够生成化合物，而有些元素又不行？”

这几个问题，李峰当然知道答案，但是他不准备将这个答案马上就说出来，只是将这些问题刊登在了下一期的学刊上。

朱由校没有得到答案，十分不甘心，便住在皇家学院里，与广大师生们一起讨论。这一住下，朱由校才发现官邸里十分温暖，远比在皇宫里住得舒服多了。于是立马就将张皇后和几个妃子也叫了过来，干脆就在皇家学院里住下了，而且住下就不想走了，看那样子，冬天不过去是不打算离开了。等到见到张皇后的时候，李峰这才发现张皇后的腰肢似乎粗了一圈，悄悄询问了一下，果然是有了身孕。

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