与此同时，桓武平氏虽由于平忠常之乱而失掉关东地盘，但从在平定平将门之乱中获有战功的平贞盛之子平维衡时起，把根据地转移到近畿地方之一隅伊贺、伊势之地，被称为“伊势平氏”，而自维衡的曾孙平正盛、正盛之子忠盛时起，开始与院政政权结合，进入中央政界。
另一方面，除了皇室同摄关家的矛盾外，在上皇与天皇之间以及藤原氏内部也都存在着矛盾，并且这些矛盾又总是和新兴的源氏、平氏两大武士集团之间，每一个武士集团内部的矛盾纠缠在一起。这种错综复杂的矛盾关系的发展，终于导致保元元年的“保元之乱”和平治元年的“平治之乱”两次大混战。
在“保元之乱”中，依靠源为义、源为朝父子及平忠正等人兵力的崇德上皇，左大臣藤原赖长一派，被借助于源为义之子源义朝和平忠正外甥平清盛兵力的后白河天皇，藤原赖长之兄关白藤原忠通一派击败。这使贵族们认识到，不只地方之乱，就是中央皇族、贵族之间的对立，不依靠武士力量也是不能解决的。此后平清盛受到后白河院重用，扶摇直上，这又加剧了平清盛与源义朝之间的矛盾。在3年后的“平治之乱”中，平清盛终于击败了他的对手，源义朝在逃亡中被杀，其子年方13岁的源赖朝幸免于难，被流放到伊豆。
同时，保元、平治之乱也为平氏掌权铺平了道路。
那么这个平氏到底有多厉害呢？
历史上的公元1167年，平清盛取得太政大臣之职，官邸设在京都的六波罗地方，在那里发号施令，所以他的政权史称六波罗政权。平清盛从贵族、寺社那里夺取庄园，把以畿内，西国为中心的500多所庄园和达全国半数以上的知行国弄到自己手里，任命自己的家臣为领国的国司，任命顺从平氏的武士担任一部分贵族庄园的“地头”，令其管理。另外，和采取闭关政策的贵族政权不同，平氏政权采取与南宋政权通好的政策，积极推进日中贸易。为便于南宋大型船只驶入濑户内海，曾动工开凿音户海峡，还在摄津的福原筑港，使它成为对南宋贸易的重要港口。嘉应2年，平清盛在福原别庄劝后白河法皇接见当时在日的南宋商人。南宋商人回国后立即将平清盛的行动向明州刺史报告，于是大宋在承安2年赐给日本朝廷碟状和礼品，应求扩大贸易规模。所以说平清盛对促进中日两国邦交正常化方面，还是起了一定的作用。
但是，平氏政权的革新作为极其有限，平清盛所追求的也主要是骄奢淫逸的贵族生活及其一族的利益。
他没有改变原有的国家机构，只是巧妙地利用天皇、法皇、贵族间的对立而发展自己势力。
他没有制定出对于扞卫新兴武士封建主利益有着决定意义的政策。向贵族庄园派置“地头”，虽然可说是后来镰仓幕府“地头制”的先驱，但这种地头权限很小，是不能违背贵族庄园主的意志的。平清盛的保守政策使地方武士团很快丧失了对他的信赖，在经济上遭到损失并在政治上受到打击的后白河院、摄关家以及南都北岭的比睿山、兴福寺、延历寺等大寺院，自然也越来越增加了对平清盛的反感，终于在治承元年发生了受法皇指示的一伙贵族密谋打倒平氏的事件。
事件平息后，平清盛加强了恐怖统治，但反平氏政权的势力却日益增大。
一直到治承4年，也就是公元1180年，当时在中央的源赖政首先举兵，并以后白河法皇之子以仁王的名义号令各国源氏起事。源氏栋梁源赖朝举兵于流放地伊豆，堂弟源义仲举兵于信浓，源赖朝在相模的石桥山败于平氏军队，逃往安房，但旋即于同年10月率关东大小武士团在富士川之战中大败平氏军队，畿内及其他各国的武士也都乘机纷纷起来为夺取公领和庄园而战斗。
治承5年，平清盛在四面楚歌声中病死。
内乱扩展至九州和四国，几乎遍及全国。
寿永2年，源义仲进逼京都，平宗盛携年仅6岁的安德天皇仓惶出走西国，后鸟羽天皇在京都即位，于是出现东西两天皇。
同年，源义仲进入京都，后白河天皇挑动源义仲和源赖朝两虎相争，正在致力于巩固自己根据地镰仓的源赖朝，于寿永3年派其弟源赖范和源义经率军西上，灭义仲于粟津，2月败平宗盛于播磨的一谷。文治元年2月再败平氏于赞歧的屋岛，最后，3月于长门坛浦海域全歼平氏军队，扶桑的平安时代至此结束。
平安时代之前的时代是奈良时代。
自从废止遣唐使之后，发展了扶桑独特的国风文化。
天应元年桓武天皇即位，自此开始推行新政，一扫佛教政治的流弊，将律令政治推向了前台，这标志着一个新时代的到来。天皇迁都平安京，奠定了后来1100年间作为扶桑首都的基础，扶桑史上很重视这次迁都，以此作为划分时代的标志。与前代的奈良时代相呼应，把自此开始到镰仓武家政权成立以前的400年称为平安时代。
藤原氏以外戚身分干政，从801年起计至1068年后三条天皇登基，长达两百余年，名义上扶桑是天皇集权，但大部分时间都是由藤原北家所操控，是为摄关政治。可以说是扶桑政治史上的倒退。摄关家族控制了朝廷要职，律令制度形同虚设。这样使天皇大权旁落更间接造成了后来武家政治与幕府专权的情况。在平安时代中武士阶层得到发展，到这个时代的后期，武士阶层从贵族手中夺取了权力，建立了幕府。
自1068年后三条天皇登基起，至1156年崇德天皇时保元之乱为止，天皇才宣告掌握回实权。