而地利上，方腊军处于守势，更熟悉江南风土人情，能够以逸待劳地抵抗宋军。

信仰上，梁山泊有“替天行道”“顺天护国”等主体思想，但方腊的摩尼教组织更严密、思想更有煽动性。

刚刚崛起的方腊政权实力完全不亚于梁山，而且二者之间没有和平共处的可能，不是你死就是我亡。梁山不灭了方腊就不能洗白上岸，所以不可能与之妥协来避免战争，也不能像以前的战斗一样通过投机取巧的手段来轻松过关，只能打硬仗、拼血肉。

所以巨大的伤亡从最一开始就是不可避免的。

由于战争性质不同，南征方腊的战争和以前的斗争规则也截然不同。

以前梁山好汉不论是被地方社团抓住，还是被官府天兵擒拿，都不会马上处死，要么是准备押解回京，要么是迫于梁山的威胁而不敢杀害。官场有官场的程序正义，江湖有江湖的道义规矩，这些规则使得梁山好汉一个都不能少。

但方腊政权才不会管这一套，他们可是不会优待俘虏的。所以郝思文在杭州一役中被活捉进城，遭方天定凌迟处死，再枭首示众。因为知道方腊军的德行，所以阮小二被困乌龙岭时，为了避免被俘后有郝思文的遭遇，就拔刀自刎了。一般好汉是不屑用毒箭来杀人的，但方腊集团偏好这种邪门勾当，曹正和王定六在宣州被毒箭射死，徐宁在杭州被毒箭射伤不治身亡。

其次就是梁山两位关键人物的离队，大大加剧了梁山好汉的伤亡。一是梁山的大杀器公孙胜，功未成便身退，南征之前回蓟州修道了。方腊手下也有道法高强的天师包道乙、魔君郑彪。在乌龙岭大战中，包道乙用仙剑砍断了武松的左臂，郑彪利用法术杀死了王英、扈三娘夫妇。如果不是樊瑞与郑魔君斗法获胜，梁山好汉会有更多人死伤在法术之下。当然了，这个法术，说白了还是障眼法。但障眼法为什么叫障眼法？就是因为障眼，你看不穿，那就是强大牛逼的法术，杀人没商量。公孙胜是此间达人，有他在，破除这些障眼法不难，甚至反压制也能做到，可他不在，这就麻烦了，好汉们看不穿这些“妖法”，结果只能是处处受制，死伤加剧。

除此之外还有安道全这个大奶妈被调离，前文说过，因为安道全的在战前被宋徽宗叫了回去当私人医生，结果梁山上下失去了最大的救命星。

徐宁脖子中毒箭身亡；张横、穆弘、孔明、朱贵、白胜和朱富患瘟疫而死；杨志病逝于丹徒县；林冲得风瘫而死；杨雄发背疮而死；时迁患搅肠痧而死；李立、汤隆、蔡福在攻取清溪城的战役中各带重伤，医治不痊而死。如果安道全一直在军中，梁山因伤病而死亡的好汉肯定会大大减少。

再往后，梁山从山东到江南，可以说是完全失去了主场优势。梁山好汉在北方征战所向披靡，依仗水泊梁山的地利多次挫败官军的围剿。但到了地理气候、风土人情完全不同的江南地区，肯定会在生理和心理上水土不服。侯健、段景柱从海路驶入钱塘江时，遭遇风浪船翻，落入海中淹死。没死在梁山的八百里水泊中，却在杭州湾大海中沉船了，南方的水和北方的水还是有区别的。

郭盛攻打乌龙岭时，被山上飞下的巨石连人带马砸死，吕方与敌将白钦拼斗时，双双跌入岭下同归于尽。他们的死，不熟悉江南地理是一个重要原因。歙州计败庞万春时，丁得孙在山路草丛中被毒蛇咬伤了脚，毒气入腹而死。杭州因瘟疫而病死的张横、穆弘等六条好汉，这不也是因为水土不服吗？

而除了以上几点原因，梁山失败还有其他很多因素。