足利义昭根本没有想到事态会发展的如此顺利，原先还以为京畿各地的国人领主们和三好家会拼死抵抗，即使很自信乐观的预计也要耗时近半年才能攻略京畿诸国，尤其是三好家这个最难啃的骨头。
就当织田信长滞留在芥川城之时，各方使者也陆续送上珍物，像今井宗久献上名物松嶋茶壶跟绍鸥茄子，其中还有源义经在一之谷穿过的甲胄。摄津国的高槻城主入江春景、茨木城主茨木重朝也相继投降，伊丹城主伊丹亲兴在足利义昭仍滞留越前国时，就与足利义昭有所往来，因此在织田信长跟足利义昭进军摄津时便立即表态归降。而三好三人众所拥立的征夷大将军足利义荣在撤退途中患病身亡后，篠原长房便奉三好长治与细川真之渡海退往阿波国。
在织田信长跟足利义昭战胜三好三人众之后，足利义昭在芥川城阵中对近畿的领地进行重新分配。原先足利义昭希望由织田信长来统领畿内五国，但是织田信长只愿意领受和泉国的堺町与近江国的大津、草津。因此，由畠山高政领有高屋城、三好义继领有若江城各掌河内国各半，大和国跟和泉国的志贵城则依然交由松永久秀，摄津国则一分为三，由和田惟政担任芥川城主跟伊丹城主伊丹亲兴、池田城主池田胜正并为摄津三守护，伊丹亲兴的三万石领地、池田胜正的两万石领地都获得了安堵文书，细川藤孝则领有胜龙寺城。
足利义昭在十一月二十日正式获得了朝廷的将军宣下，晋任为征夷大将军。得知此事的织田信长立即送上诸多厚礼，同时在细川官邸内為足利义昭举办就任典礼。感激不已的足利义昭随即回赐给织田信长太刀、酒杯等物品。
同时，织田信长为了减轻松永久秀的压力，好让他顺利平定大和一国，便派遣重臣佐久间信盛等人率军一万八千余出兵协助松永久秀。足利义昭看在织田信长的面子上也派遣了幕臣细川藤孝、和田惟政等人率领五千余军势支援松永久秀重新攻入东大和。随后，织田·足利联军以电光火石之势迅速攻陷了筒井城、丰田城、平城等地，就连郡山城也投降松永久秀，大和一国几乎成了松永久秀的天下。而兵败如山倒的筒井顺庆就只好前去投奔深山里的豪族秋山直国。
就在足利义昭顺利继任征夷大将军之后，担任关白一职的近卫前久，被视为是“逆贼”的同党，再加上前任关白二条晴良对其落井下石，结果义昭奏请朝廷，将前久罢免和逐出京都，随后由亲织田家·足利义昭的二条晴良继任了关白一职，朝廷中大部分的公卿朝臣都纷纷表示让足利义荣能够顺利得到将军宣下的都是近卫前久的阴谋，朝廷和皇室是受到蒙蔽后才做出了错误的判断，上下百官也都是被胁迫的，并不是出自本意。
近卫前久被解除关白一职后，在丹波国豪族赤井直正的帮助下，从京都前往黑井城的下馆居住，此后在第十一世本愿寺显如的帮助下移居摄津国的石山本愿寺。此时认显如的长子教如为自己的养子。
永禄三年，十一月二十日。在织田·浅井联军锐不可当的攻势下，内忧外患的六角家很快便土崩瓦解了。从此以后，六角家在南近江半国的霸权化为了南柯一梦。同时，尾张织田氏的威名顿时间传遍了畿内数国，占据京畿的三好三人众感到了前所未有的压力。
由俭入奢易，由奢入俭难。六角义贤、六角义治父子自从主动放弃本据观音寺城后便感到后悔了。北伊势、南近江、伊贺各地的家臣、国人领主们先后倒向织田家，就连进藤贤盛、后藤高治、永原重康、平井定武、青地茂纲、永田景弘等家中重臣都先后主动投降织田·浅井联军，使得六角义贤、六角义治父子反攻南近江的本钱越来越少，眼下他们只能在甲贺、伊贺等地的深山之中继续蛰伏着。
于此同时，足利义昭麾下的奉公众细川藤孝、明智光秀（朝定在永禄之变后暗令明智光秀在合适的时机出仕织田家，尽可能的在京畿一带扩张势力）等人，则是摇着‘将军家的当主’足利义昭这面大旗，劝说和调略京畿一带的国人领主们转变风向“弃暗投明”。不过，具体是投向足利氏的军门之下，还是投向声威正盛的织田家军门之下，却没有说得太清楚。在一路高奏凯歌的时候，绝大部分人总是会有意无意的忽略掉这些看似并不怎么重要的问题。
织田信长在快速平定南近江的同时，立即下达了一道非常严苛的命令——一钱斩令。严禁织田·浅井联军在未经许可的情况下随意进行乱捕、人狩，更加不允许奸女，若有违背者杀无赦。
不仅如此，织田信长还下令织田军将南近江主要街道打扫的干干净净，就连无人收理的尸体也都由织田军收拾干净了。
就当织田信长节节胜利即将攻入京都之时，武田信玄也没有闲着。自从武田家与织田家重新划分了三河国归属界限后，便迅速将家臣转封至东三河各地重镇要地之中去，进一步加强对东三河各郡的控制，企图将东三河各郡经营成出兵上洛的桥头堡。
武田信玄先将河出良则（河出城城主）、高木善右卫门尉、菅沼定忠（四十骑领主，北设乐郡豪族，田峰城城主，山家三方众，又称田峰定忠、田峰定吉）、长篠正贞（三十骑领主，南设乐郡豪族，田峰菅沼氏分家，奥三河众，山家三方众，长篠城城主，又称菅沼政定、菅沼正定、菅沼正贞）、奥平贞能（一百五十骑大身领主，奥三河众，山家三方众，作手城城主，田代城城主，又称奥平定能、作手贞能、作手定能）、菅沼定盈（野田菅沼氏，奥三河众，野田城城主）等先前主动降服于武田家的东三河国豪族们编为三河先方众，由一门亲族众中的大井虎昌担任三河先方众旗头一职，并且坐镇东三河最重要的战略据点——吉田城。
随后，武田信玄还将家臣漆户虎光（原武田义信補佐役）转封至宝饭郡牛久保城领有五千石知行地、三枝虎吉（足轻大将众）转封至宝饭郡上乡城领有一万五千石知行地；胜津野昌忠（谱代家老众）转封至宝饭郡长泽山城领有八千石知行地、荻原昌明（原板垣信方与力，武田家一门众）转封至渥美郡中山城领有五千石知行地，大井虎昌（武田家一门亲族众，大井信达末子，大井信达长女为武田信玄之母）转封至渥美郡吉田城领有一万五千石知行地。