观音寺城内坐镇的六角义贤、六角义治父子二人在发现织田军主力已经转移后，立即出城袭击坂井政尚部，结果却被坂井政尚所击退，坂井政尚之子坂井久藏在此战中奋战有功，随后获得了织田信长和足利义昭赐下感状嘉奖。德川家臣松平信一在箕作城陷落的第二天，因为作战勇猛而获得织田信长的褒奖，之后织田信长还赏赐桐纹革胴服给他。丹羽长秀家臣林通氏也同样因为作战勇猛，获得织田信长赐下的感状褒奖。
在箕作城陷落后不久，织田信长便将本阵设在了箕作山中，并且于翌日对六角家的本据观音寺城发起了总攻，六角义贤、六角义治父子二人自知六角军士气低落、寡不敌众，难以抵挡织田军的兵锋，随即放弃本据观音寺城逃亡，轻车熟路的走了祖先的老路，准备跑到深山老林之中与织田军展开游击战。随后，六角义贤、六角义治父子二人便逃往甲贺郡，甚至还一度逃往伊贺国躲避织田军的兵锋。但是，令六角义贤、六角义治父子二人没有想到的是，如今的局势再也不像当初六角高赖那样拖着耗着就能解决的了。那时的六角家面对的敌人是孱弱的室町幕府，而如今六角家的敌人却是新崛起的织田信长，所以直到织田家灭亡后六角家都没能恢复旧领。
在观音寺城被织田军攻落后不久，六角家重臣蒲生贤秀还在居城日野音羽城继续笼城死守抵挡织田军。但是，织田信长并不打算对日野音羽城发起攻击，随即派遣与蒲生家有姻亲关系的神户具盛（原六角家家臣，蒲生定秀女婿，神户氏总领七代目，接受织田信长之子织田信孝为婿养子）前去劝降蒲生贤秀（蒲生定秀之子）。在神户具盛的劝说下，蒲生贤秀放弃了抵抗，交出其子蒲生鹤千代（蒲生氏乡）为人质，投降织田家。就在近江守护代家蒲生家投降织田军后，南近江便很快被织田军顺利平定下来，从而减少了伤亡和节省了更多的时间。
而长光寺城、八幡山城、箕作城、和田山城、佐生城、荒神山城、目贺田城、高取城、敏满寺城、山崎城、田山城等观音寺城周边的十八座城池兵砦先后被织田军攻陷或是劝降，六角家中有力家臣进藤贤盛、后藤高治、永原重康、平井定武、青地茂纲、永田景弘、加贺美兵部少辅（井上兵部少辅、各务兵部少辅，六角氏分家）、池田景雄、宮木贤祐（观音寺城奉行众之一）、山崎片家、山冈景隆、小川祐忠等人先后投降织田家。织田信长在平定了南近江后才得知为何当初六角义贤、六角义治父子在谈判之时那么傲气了，原来有着执三好家牛耳的三好三人众作为后盾。
在听闻六角义贤、六角义治父子二人转往鲶江城笼城死守后，织田信长便让浅井长政率六千余军势进入箕作城、观音寺城驻守，以防止六角家的反扑。织田信长在迅速击败六角家后，派遣家臣不破光治为使者返回美浓立政寺内向足利义昭报捷，并且迎接足利义昭出兵参阵。
十一月二十日，织田信长与足利义昭进入琵琶湖的三井寺，而织田·浅井联军则是在大津的松本、马场等地布阵，之后以三井寺内的光净院作为足利义昭的暂时居所。随后，织田信长便率大军正式往京都进发，准备与三好家展开作战。
永禄三年，十月十日。就在武田信繁率两万两千余武田军入侵相模国的同时，朝定很快便得知了此事，他随即下令位于房总两国的家臣东金城城主狩野秀治、峰上城城主正木道俊、椎津城城主板屋光胤、冈本城城主冈本安泰等将迅速征召五千余军势后先行出阵相模，前去联合长野业盛、池田盛周、善宗次等东相模诸将在相模川附近布置防线，不让武田军进一步深入相模腹地。
与此同时，织田信长为了能够消除后顾之忧和两线作战，随即迅速与正在派兵攻打西三河亲织田家豪族的武田信玄达成了和议。两家按照协议中的势力范围划分各自的归属界限，其中占据碧海郡大部分的水野家归属在织田家旗下，占据额田郡的德川家重新返回织田家旗下成为从属大名，而加茂郡、设乐郡、八名郡、宝饭郡、幡豆郡、渥美郡则归武田家所有。这也宣告着长达数年之久，遍布着三河远江两国的战事终于能够暂时告一段落了。
就在小笠原信岭、下条信氏、木曾义昌、知久赖元等南信浓诸将所率的五千余武田军返回南信浓后不久，织田信长派遣不破光治、内藤胜弥等家臣率两千余军势从北近江小谷城外的休怀寺前去迎接足利义昭。
与之相对的，浅井长政也派遣重臣上坂城城主上坂意信（上坂氏原为近江守护京极氏执权，上坂意信继任上坂氏家督后成为了浅井家家臣）、山本山城城主阿闭贞征等人率一千五百余军势护送他们到美浓关原。对于这位四处流浪多时的“将军家的当主”而言，这一次的旅行给了他绝对的安全感，因此足利义昭心中感到非常高兴。
随后，足利义昭便入住暂时的居馆——美浓西部的立政寺内。就当足利义昭在立政寺内过上一段安生日子后，织田信长于十月二十日来到立政寺内参见足利义昭，同时向足利义昭进献一大堆礼物：国纲太刀一柄、苇毛马一匹、大铠两套、沉香百斤、缩布百匹、锻子三十匹、虎皮两张······
足利义昭在见到织田信长所赠的这么多礼物后不断的点头，甚至快要激动的留下泪来。自从足利义昭以‘将军家的当主’自居后，从来没有哪一家大名送给自己那么多的礼物，就连幕府重臣、占据大部分东国的上杉家都没有理睬过自己，送去的书信也大都石沉大海毫无回应。他觉得织田信长一定能够圆他的将军梦。
十一月一日，织田信长在美浓、尾张、西三河、伊势、志摩等国大规模征召下，兵力达到了四万余。在正式出兵上洛之前，织田信长率马廻众五百余人从本据岐阜城出发，前往佐和山城和六角义贤、六角义治父子二人展开交涉，希望六角家能够参与拥立、护卫足利义昭加入上洛之战，并且献上人质交换誓书等等。但是，早就跟三好三人众有过协议的六角义贤、六角义治父子二人在交涉中始终坚持拒绝拥立足利义昭参加上洛之战。