而三好三人众和松永久通等人依旧贼心不死，等到三好长庆病故和三好义继继任三好家的家督之后，他们便立即向新任家督三好义继‘请求’下达废黜现任征夷大将军足利义辉的命令。三好义继并不知道废黜现任征夷大将军足利义辉的结果对于三好家来说意味着什么，在他点头同意之后便与三好三人众、松永久通等人率军一万余以清水寺参旨的名义大摇大摆的进驻京都。

九月十日，足利义辉虽然得知了此次三好家率军上洛的人数比以往数千人的规模要大，但是并不认为他们会把自己怎么样，认为三好家仅仅只是为了恐吓自己罢了，故而并没有调集京畿一带的奉公众进入二条御所内协防。就连占据着近江今坚田城、坂本一带的明智光秀也没有让其率军进入山城国。

京都周边的百姓们就发觉大街上挤满是三好军整齐的阵势，三好家的武士们气焰十分嚣张，也不给出任何理由就堂而皇之的对二条御所展开围堵行动，不消半个时辰就把二条御所四面八方围个水泄不通，原先在相国寺周边驻守的三千余三好军也顺势离开相国寺前来支援，将左京地方通往京都的几条街道全部封锁。三好三人众与松永久通等人随即发布戒严令，即使大内里的诏令也不得出城，公卿们被堵在自己家门口禁止出外，百姓们只好关上房门瑟缩在屋子的角落里，向神佛祈祷着这场大战不要波及自己，一时间京都城内人心惶惶，大战的气氛非常浓烈。

与此同时，二条御所四面堀切纵横石垣增筑，御所内外有一百多名奉公众武士们驻守着，这些兵力是幕府眼下掌握在手里唯一的力量，看到势单力薄的武士们面对万倍于己的敌人，让他们不知不觉的想起这与幕府失权后数十年之间相似的尴尬场景，同样是无人可用和大军压境的尴尬。

足利义辉在穿戴好大铠后端坐于二条御所的大广间内，左右两侧跪坐着身披大铠的幕府奉公众武士们。在短短几天之内奉公众武士们脸上的焦虑畏惧之色也愈发浓重起来，昔日精神抖擞斗志昂扬的奉公众们此时此刻忧心忡忡不知该如何应对，一百余人对阵一万三千余人，除非他们个个都有源义经、武藏坊弁庆、平教经等猛将之能。否则还真的不知道该如何击退来犯的三好家大军。

自从永禄二年起，甲斐国内便开始出现疾病流行，起初范围和疫情并不严重，故而身为当主的武田信玄也并没有过于在意。然而，随着上杉军的再次侵攻和领内人员伤亡增多之后，疫情渐渐地开始严重起来。

不仅如此，甲斐国内眼下还爆发了旱灾，就连河口湖也一度枯乾。这对于武田家来说可谓是祸不单行。

而且，武田信玄光是眼下安抚甲信两国各地豪族、帮助豪族们的领内恢复生产、对位于边境的城池兵砦进行普请等等就耗费了大量的人力、物力和财力。

由于近几年来武田家接连在北信浓、西上野、相摸国等地兵败，以及沉重的军役和劳役，使得信浓各地武田家旗下的豪族们生出离心。就连北信浓先方众中的室贺、望月、祢津、芋川、塔原、岛津等豪族们也开始秘密与上杉家进行接触，意图在合适的时机倒向上杉家。

同时随着武田信玄没能及时救援佐久郡，导致了具有重大影响力的大井家和前去救援的诹访先方众的惨败。这次惨败也引起了甲斐、南信浓各地国人领主们的抱怨，马场信房、保科正俊、木曾义昌、小幡虎胜等重臣再次向武田信玄说明“是役也，甲信两州军兵多死，国人已不堪重负，心生愁怨”的情况。另外，尤其是信浓守护代大井氏的一门亲族众大多战死，对信浓各地的豪族们产生了很大的冲击。使得武田家在佐久郡的统治发生了混乱和动摇。

而武田家军师山本勘助已经看出了东国大势，已难扭转，山扇（山内上杉、扇谷上杉）一体，其志难夺。武田家眼下唯有静观其变了，论国力和实力已经无法与上杉家展开长期的拉锯战，飓风过岗，伏草惟存。虽然山本勘助多次向武田信玄进言并且劝阻他暂停对上杉家的一切敌对行为，然而武田信玄却并不采纳。就连从京都赶来骏河的武田信虎也觉得武田家若是继续与上杉家打下去很有可能会断绝家名，故而武田信虎积极与谦信书信往来，希望能够让谦信在战胜武田家后保留甲斐源氏的血脉。

武田信玄虽然对这一切自然是心知肚明，但是有些事情就算是你明知道会遭到强烈反对也还是要去做。他很清楚继续和上杉家打下去会是什么样的结果，但是不继续与上杉家打下去的话，武田家的发展和生存空间便会被限制在东海道的三河、远江、骏河的和甲信等地。而甲斐是座大盆地从盆地中流淌的笛吹川、釜无川成为最致命的灾害，几乎年年风灾暴雨都会受到水害侵袭，如今的甲斐总石高二十余万石，因为战乱频发加之天灾人祸使得总人口却只有近二十万万人。武田家几代先祖积极开拓进取，所为的就是带领甲斐武士们走出穷乡僻壤的山窝窝，在甲斐之外有富饶的土地秀美的山水，这一点在过去的十几年里无数次被证实。正所谓由俭入奢易，由奢入俭难，众人都享受过山外的美好生活后，根本没人愿意继续窝在甲斐做苦兮兮的山武士。