在三户氏的支配不大安稳的这段时期，辅佐南部安信稳定局面的是以田子城为本城因此被称为田子家的安信之弟高信。天文二年在平定了津轻地方后，高信又以平贺郡的石川城为居城，就任津轻郡代。天文三年，闭伊郡爆发叛乱，被久慈信义和三户氏的谱代家臣樱庭光康所讨平。在天文十年闭伊郡黑森神社的营造栋札中（记录建筑物修建信息及过程的记事牌称栋札）记载大檀那（为寺院或神社等提供布施或帮助其营造之人）为“南部右马允安信”和“同左卫门督高信”，而旦那（性质基本同檀那）田锁氏和小笠原氏等闭伊众则为其从属。
斯波郡斯波御所的斯波诠高在十五世纪末期将庶子诠员和诠义分别配置于岩手郡西部的“雫石御所”的斯波郡北部的“猪去御所”，觊觎着岩手郡。为了应对斯波氏的策谋，石川高信（即田子高信，此时尚以田子城为居城，称田子高信）在天文初年将家臣福士氏配置于与斯波领交界处的岩手郡不来方城，并迎娶了岩手郡北部国众一方井安政之女为侧室。天文九年，石川高信先击败在岩手郡西部滴石地区保有部分地盘的户泽氏，将其赶至邻国出羽的仙北地区，后又与斯波诠高之子·斯波氏时任当主经诠之间产生了摩擦；天文十二年，石川高信与斯波经诠之子诠真交战并占据优势，最终在稗贯辉家的调解下两家达成和睦，南部氏逐渐恢复了对于岩手郡的支配。此外，在天文十一年至十二年间，南部军还进至出羽的下国安藤氏的领地，与其交战。
在对外扩张的同时，南部晴政也从南部安信那里继承了三户南部氏的当主之位，且因一直以来的本城圣寿寺馆在天文八年烧毁，晴政便将本城迁至了三户城。
十五世纪末期，三户氏的家臣大致分为“亲类”、“家子”、“老中”、“御内众”、“外样众”等；分家八户氏的家臣在天文年间则有“一家”、“亲类”、“御内五人老”、“小御内”、“外样”、“中间等”；另一分家九户氏的家臣也有“亲类”、“内众”等等。他们通过大致相同的编成手段，形成了各自的家臣团。
天文年间前期，南部安信分别将弟弟信房和信次配置于田子城西侧的石龟城和鹿角郡的毛马内城，并以此为苗字成立了石龟家和毛马内家，与田子家一起执行出击和警戒出羽安藤领的任务。另将一弟长义配置于奥州街道的要冲五户浅水城，成立南家，以此作为三户城北方的屏障。再加上出自于三户氏的庶家北家和东家等，三户氏通过创建有力的庶子家，构成了其家臣的主体，并以此作为与周边的斯波氏、安藤氏等势力对抗或平定领内动乱的骨干力量，这也是三户氏由一介国众向战国大名转化的契机。但任何事物都具有两面性，如弘治二年，南家与另一“亲类”北家间因斗贺村而起了纠纷。可见在建立有力庶子家的同时，如何解决家内纷争并更好地统御诸庶子家，又成了一个让人困扰的课题。
另外，在糠部郡内以“户”为地域单位的这些领主们以“户”作为其独立所领，拥有自己的家臣，再加上糠部郡面积较大，这些“户”的领主们的势力甚至可与其他分国拥有一郡的在地领主比肩。这些“户”的领主们所构成的“族缘”集团称作“一家”，虽然推举三户氏为他们的“家督”，但三户氏却不能把他们直接视作家臣，只不过是领主们依靠某种契约的集结在一起的结合体。
十六世纪前期的天文年间，南部氏的有力庶家北家、东家和南家及石川高信·信直父子、九户政实等逐渐取代一户氏和久慈氏成为进攻鹿角郡和岩手郡的主力。石川高信率领麾下的岩手众屡次入侵两郡，而且高信的嫡子南部信直（即南部氏第二十六代当主，石川高信的嫡子。此时尚称田子信直）于永禄八年与南部晴政的长女结婚，因晴政当时尚无儿子，所以指认信直为三户氏的继承人，并作为南部晴政的阵代出兵鹿角郡；而九户氏也在十五世纪末期，时任当主九户光政将居城迁至九户城，并通过将女儿嫁给久慈氏的结姻方式，将其纳为从属。
在田子氏（即石川氏）和九户氏的势力上升期，一户氏、久慈氏反而日趋没落。另外，根知城主八户氏在天文年间前期的三代当主治义、义继、胜义先后去世，且因胜义无子，便从一族新田氏入继了年仅五岁的彦次郎（幼名久松，即后来的八户政荣）继承当主之位，祖父新田盛政为其后见役，但另一一族田中宗祐为了篡夺当主之位而谋反，后被镇压。天文二十一年，七户庆胤入侵八户领；永禄七年、永禄十年八月、永禄十二年，四户的栉引氏多次入侵八户领，可谓内忧外患，造成了八户氏权力的严重衰退。由于四户氏和七户氏未与三户氏结姻，且无法通过对外战争扩大势力，所以只能在糠部郡内扩张。而从作为诸“户”家督的三户氏当主南部晴政的角度来看，上述纷争只是“一家”内部因领地纷争所引起的私战，自己无法擅自处置，命某方停止交战。永禄十年八月，彦次郎的亲父新田行政殁，次月，彦次郎获赐南部晴政的偏讳，取名八户政荣，可以说是以暂时从属于三户氏为代价换来了本家的存续。
进入永禄年间，北奥的争乱进一步激化。邻国出羽的下国安藤氏当主安藤爱季图谋向糠部郡渗透，并于永禄元年开始通过其从属国众·比内郡领主浅利则祐拉拢南部氏麾下的大汤氏、大里氏等鹿角众，以及津轻平贺郡代大光寺氏和浪冈御所的浪冈北畠氏。在进行了周全的准备后，永禄九年，安藤爱季纠合浅利氏、虾夷的蛎崎氏、出羽的由利众等共计五千人马入侵鹿角郡。三户氏当主南部晴政急忙派遣岩手众及有力庶子家的北家、东家、南家等迎击但败北；次年，在双方均付出不小的代价后，鹿角郡终被安藤氏占领，史称“鹿角大乱”。但是仅仅不到两个月，南部晴政便亲率大军夺回了鹿角郡大部。而安东爱季此次唯一的收获便是夺取了进出鹿角郡的桥头堡——土深井城。
自从越中守护代神保长职在越中滑川一带被扇谷上杉、府中长尾两家联合军击败后兵败身死之后，越中守护代家的神保氏就此衰灭。但是，神保长职却留下了一个儿子，即神保长国（神保长职三男）。神保长国自从在神保长职败亡后便在数名神保家旧臣们的守护下逃至北信浓得到了武田家的庇护后，之后便一直在甲府雌伏着，等待着神保家能够再兴的机会。
为了能够将谦信牵制在北陆道无力出兵南下，武田信玄只好将神保长国、寺岛职定（原越中池田城城主）、山田修理、饭田利忠（原越中井田城城主）、入善弥太郎、松原出羽守、竹木石见守、田原新吾、稻川半太等神保氏、椎名氏等大名、国人领主们的残党派往东越中去招揽神保家旧臣、当地地头武士以及浪人等，并且尽可能的去煽动能登的国人领主、地头武士们再次发动国人一揆，好让加贺先方众顺利攻入加贺国牵制柿崎景家。
如今，在神保氏一门亲族众之中仅剩下分家庶流的神保长赖（神保庆宗之弟神保总诚之子）、神保长重（神保庆宗之弟神保长茂之子）、神保茂政（神保长重之子）、神保出羽守（神保家一门，神保氏兴被杀后便逃至立山躲藏）、神保氏长（神保氏张次子）、神保长利（神保氏张三男）等人还在越中国内过着隐姓埋名的生活。自从神保氏衰灭之后，他们便不敢再抛头露面，只能迅速躲入深山老林之中保全性命和保留神保氏的血脉。
就连原池田城城主寺岛职定在神保长职兵败身死后便带着家眷逃往武田家领内，此次他也被武田信玄派往东越中去担任神保长国的后见役。
然而，武田信玄这些举动被谦信麾下的轩辕众探知，他们迅速将此事告知谦信，使得上杉家及时在东越中与北信浓之间的国境上有了防备。
为了不让神保长国和寺岛职定等神保氏残党人顺利进入东越中策应国人一揆，谦信迅速令上野九兵卫（谦信重臣上野家成同族）、上野彦次郎、上田石见守、松原五郎兵卫直原、小野大学助（原寺崎家家臣）等在北飞弹驻守的越中地头武士们返回东越中与神保孝续（越中神保家庶流）防备神保家旧臣们发动一揆。而北飞弹则是由城景茂（玉虫贞茂之子）负责守备。
为了避免能登一国再次遭到越中国人一揆的波及，也顺便能使得能登国人领主、地头武士们不会轻易被武田家调略寝反，谦信就让之前畠山义春（畠山义续之子、畠山义纲之弟、上条政繁养子）迎娶已故长尾政景长女华姬后继承匠作畠山家家名，并且担任能登守护代一职让其入驻城，领有石知行地。
神保孝续先前就主动倒向上杉家并且将加贺一向一揆所扶持继任神保家家督的神保氏兴（神保氏则，神保氏张长子）讨取。由于之前他并未将神保氏兴的首级主动交给朝定或是谦信，故而并未得到领地的赏赐。此次，他得知神保长国即将返回越中的消息后立即来了精神，只要将神保长国讨取，那么越中神保氏的滴流将会彻底断绝，他将会得到谦信和朝定二人的大量赏赐。
与此同时，南部晴政退兵返回其领后，毛利景广也迅速稳定了高水寺斯波领，将倒向南部家的数名原高水寺斯波家重臣们先后讨死。随后，毛利景广、斋藤俊氏、押切备前守、寒河江光俊、寒河江广俊等将便率军退回了中陆奥进行修整。
随着原奥州探题家高水寺斯波家的臣从，南部家的南下扩张版图的战略得到了极大的遏制，南部家虽然雄踞北陆奥，但是其内部却并不是铁板一块。朝定的打算是暗中拉拢九户家，使其牵制南部家，必要时给予九户家大名的身份。
战国时期的北陆奥，基本可以说是以南部氏及其一门亲族、庶流分家等为代表的你来我往的纷争。除了南部氏以外，其他都是一些无法过于左右局势的小势力，通过合纵连横和联姻等方式力争在乱世中存活。直至津轻为信的出现，使得北奥的战国时代末期又出现了一抹精彩。