永禄元年五月底，足利义辉与三好长庆再度产生冲突，并且在南近江大名六角义贤的支持下召集了奉公众在坂本、坚田和朽木一带聚集。六月中旬，足利义辉与六角义贤、朽木元纲、明智光秀等人在如意岳布阵。

为了能夺回京都的控制权，足利义辉与细川晴元二人联合了朽木谷领主朽木元纲、近江守护六角义贤，并且足利军以三千军势从朽木谷南下。

而身在京都的三好家家臣松永久秀、松永长赖兄弟二人与三好长庆的从叔父三好长逸等人以摄津、丹波两国的一万五千三好军在京都南部布阵。三好长庆还将居城芥川山城移至东寺。

双方处于焦灼状态后，三好军却率先行动了起来。由岩成友通、伊势贞孝加势的三好军将瓜生山山顶的将军山城占据，并且开始翻修。

起初，足利义辉由于受到六角义贤的支援，足利军最早处于优势；但后来三好长庆派弟弟三好义贤反攻，战局逆转。两军在北白川展开激烈冲突，三好军将足利义辉麾下的七十名奉公众讨取后而获得胜利。而这场合战则被称为‘北白川之战’。

不过，足利义辉就算战败依旧窝在明智光秀才筑完的坂本城内。不过三好军也清楚近江一国鱼龙混杂，光是坂本一带就有不少的‘总村’、‘总乡’，坚田众就是其中的代表。北近江名义属于浅井家，而南近江则是有六角家占据。三好长庆为了避免与浅井家和其支援者朝仓家交战，只能暂时与足利军停战。

幕府将军被三好长庆这个管领代给赶出京都的事情很快就传到了东国之地。武田信玄得知此事后就立即停止了对奥信浓最后几座城池的进攻，他准备将兵锋转为了西上野。武田信玄倒是并不担心被织田家袭击的东美浓数郡，他需要在西上野构筑一道坚固的防线。

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京都方面简洁一点来说，毛利元就忙着拆大内家的破船时，织田信长正在埋头搞尾张、美浓的统一事业；‘东国三小强’的今川灭亡后，武田和后北条都在各自想方设法的开疆扩土。而京畿之地却飞跃出了一个天下人，他就是三好长庆。其建立的霸权就被称为‘三好政权’。正是这个三好政权，彻底的埋葬了原本在京畿呼风唤雨的细川政权。

足利义辉成为征夷大将军后，在他的门下，不论是什么剑士、斗鸡士，连歌师都要招揽。

自从明智光秀‘转仕’足利义辉后，他一面替足利义辉训练铁炮队，一面倾心与公卿、幕僚交往，在京畿是混得风生水起。而足利义辉急着重用他的原因则是准备用他来解决掉自己的心腹大患——三好筑前守长庆。

当时，渴望亲政的足利义辉，与把将军当做傀儡的三好长庆，关系已然是非常恶化了。

三好长庆原本还是京畿管领细川家的家臣、家宰。至于为何会与主家反目成仇也需要从其父说起。

在三好长庆之前，掌握大权的还是阿波细川家的细川晴元。而三好家原本还是阿波细川家的家宰。成功讨伐了细川高国后，细川晴元忌惮三好长庆之父三好元长的威势，与其反目成仇。之后，细川晴元在谋臣木泽长政、猛将三好宗三（三好元长的叔叔）的帮助下，先借助本愿寺一揆，攻灭了三好元长，而后又利用法华一揆（日莲宗一揆），将本愿寺赶出了京都。接着，细川晴元再利用日本旧佛教大寺延历寺、三井寺，并联络近江大名、管领代六角定赖，攻灭了法华一揆。在一连串的组合重拳打击下，细川晴元终于安顿了，就任了幕府管领的役职，重新竖起了‘细川政权’的大旗，将第十二代将军足利义晴当做手中的玩偶。

可是，细川晴元机关算尽，但是他还是忽略了一个命中的克星，那就是三好元长的儿子三好长庆。这也不是细川晴元的问题，当时一个只有十岁大的孩子怎么能让细川晴元产生畏惧呢？再加上木泽长政的建议：“三好家毕竟是阿波细川家的家宰，历代皆为阿波细川出生入死，如果灭了他们，以后谁还会为阿波细川家安心奉公？”