等王海涛赶上来后，让装甲团注意防空，警卫营协助装甲团进行阻击，这里交给装甲团团长武建周全权指挥。自己坐上了一辆轻型装甲车后，向燕子矶那里驶去。燕子矶阵地上，八十七师自打跑了日军的海军6战队后，始终没有日军再来攻击了，正在焦急尧化门那边的情况时，王海涛到了这里。
见到了八十七师的师长王敬久后，王海涛把目前的形式告诉了王敬久师长，并让王敬久留一个团在阵地上，其余的官兵随师部全体从下关过江。王敬久仍然是想劝王海涛先过江，被王海涛拒绝后，王敬久一定要把二五九旅留下，并命令旅长沈藻一定要保证王司令长官的安全，然后才带着师部和二六一旅撤出了阵地。
这时城内的守军也开始向下关方向撤退，最先到达下关的是一五九师的二个旅，下关这里有宪兵队的二个团全副武装的在维持秩序，又有二座浮桥和十几只渡轮，所以并没有什么混乱生。一五九师刚刚全部过江，教导总队的重炮旅以及五十一师、四十八师、兵民第二大队都到达了下关。
在宪兵队的安排下，重炮旅从加固过的浮桥过江，四十八师坐渡轮过江，五十一师和民兵大队从另一座浮桥过江。有浮桥在，过江的度还是很快的，不过正在部队过江时，天上飞来了几架日军飞机，跟随重炮旅的高炮营放弃了过江的机会，就地建起高炮阵地，对空射击。日军飞机在高射炮的干挠下投下的炸弹都落到了江里，浮桥安然无恙。
为了防止日军飞机再来投弹，高炮营干脆就不走了，就在桥头担任起了防空的任务。守军主动撤下城墙后，日军欢呼着冲上了城墙，但是当他们准备冲进城内时，城门内的街道上突然射出了子弹，先冲进城的日军部队这下吃了个亏，无数的日军在狂喜中中弹倒下，这时日军才明白城内早做好了巷战工事。
当中山门外天堡城的教导总队那个团在九十师二七一旅的掩护下撤进中山门，随即二七一旅也撤下中山门城墙时，守卫南京的部队除了正在巷战的教导总队和燕子矶阵地上的军队外全部撤进了南京城。这些部队纷纷向下关的方向跑去，连九十二师也在师长成光耀的率领下向下关方向撤去，只有二七一旅得知王海涛还在燕子矶后，全旅跑步向燕子矶方向增援过来。
二七一旅刚到了尧化门，就听到了激烈的枪炮声，旅长唐守宽立刻命令全旅增援尧化门。尧化门这里警卫营倚靠着装甲团正在阻击日军的第十八师团，第十八师团本来已经攻进城了，却被支那的战车部队又赶了出来，这让师团长牛岛贞雄中将恼火万分。
在请来飞机助战后，日军第十八师团又对尧化门的守军起了攻击。日军的飞机总数量是不少，但到处都在请求飞机助战，因此也只能分散使用了。来到尧化门助战的日军飞机只有十余架，可无论是装甲车还是坦克车上都有高射机枪，加上警卫营配的都是六七式重机枪，这些重机枪同时对空扫射，日军的飞机也没讨得了好。
在被击落了半数飞机后，抛光了炸弹的日机飞走了，装甲团这里一辆轻型坦克，一辆重型装甲车和二辆轻型装甲车被毁坏，其中一辆轻型装甲车和一辆重型装甲车是生了爆炸，车辆连同车组全部牺牲。
没有了飞机助战，日军的第十八师团就拿装甲团毫无办法，重炮联队已经没了，师团的山炮联队那些七五口径山炮对守军的重型坦克毫无用处，想抵近射击，对方的车载火炮威力比自己的这些七五山炮还要大，这样的情况让师团长牛岛贞雄中将咬牙切齿而又毫无办法。
攻占了城墙的日军也进展缓慢，这些日军正与教导总队一间间房屋，一条条巷道的在进行争夺。几个月的时间，这些巷战工事被教导总队修建的既坚固又好使，而且打起巷战来，教导总师手上的自动武器远比日军手上的三八式步枪占有优势。
日军的火炮在巷战中是用不上了，也有部队把九二式步兵炮推到前面来对付这些工事，可往往只打了几炮，这些九二步兵炮就被不知从哪飞来的迫击炮弹给炸毁了。几个小时过去了，日军在每个城门口都只推进了几百米。
当王海涛回到尧化门这里时，九十二师也到达了下关码头，师长成光耀通过电台联系上了王海涛后，得知王海涛还在尧化门这里，立刻要带着九十二师杀回尧化门，王海涛阻止了成光耀，让成光耀率领九十二师接管三十六师的防线，让三十六师过江。
成光耀接到命令，立刻带部队顶上了三十六师的防线。三十六师这里压力不大，第一零一师团只是派了一个联队向三十六师阵地起了进攻，大部队都去攻击集庆门和水西门去了。九十二师上来后，三十六师就在师长宋希濂的率领下撤了下去。
天渐渐黑了下来，城内的守军都撤的差不多了，王海涛让二七一旅和燕子矶上的守军以及八十七师留下的那个旅也撤退，别人都遵命后撤了，只有二七一旅死活不肯后撤，王海涛无奈下只有让二七一旅的五四二团留下，让旅长唐守宽带着另二个团后撤，并交待唐守宽过江后立刻与九十军军部取得联系，听从师长唐仁信的安排。唐守宽这才不情愿的带着部队走了。
天黑透后，教导总队的官兵也开始加快了后撤的度，此时的南京城除了火光没有一点灯光，一片黑暗中，日军也不敢快深入，也只能停下脚步就地驻守。王海涛登上了燕子矶炮台阵地，短时间内，阵地上的重炮和高射炮是无法让官兵们运送下山的，不过对于王海涛来说这事很简单，只不过一会，王海涛就把所有的火炮给收进了储物戒指中。
在检查过没有什么遗漏的物品之后，王海涛也带着部队开始向下关码头方向撤退了。当王海涛到达下关码头时，九十二师一个旅已经过江，另一个旅也做好了过江准备，原来的阵地交给了一个宪兵团在守卫。