朱由崧这十一万人马又具体分为水路和陆路，水路潮洲出发，走海上，陆路也是从潮洲出发，直取漳州。

三路大军具体来说是四路人马，这四路人马之间通过军中密探和锦衣卫、厂番收集情况，相互传递消息，及时报于朱由崧，使得他能及时准备地掌握其他各路兵部的战况。

朱由崧的这一路陆上人马，兵部尚书刘肇基成了他的开路先锋，他带着五万大军在前面开路，朱由崧的一万御营紧随其后，在各地方官和老百姓的列队相送下，浩浩荡荡离开了潮洲。

明军如此大的动作，弘光大帝亲自统兵出征，只在潮洲调集兵马和和筹备粮饷等各种准备就长达一个月天，因此以福州为京师的隆武帝早就得报了。他传旨让郑芝龙分兵拒敌，但是他们人马现在很有限，连水师加上也不过五六万人马，很难三线或者四线迎敌，只能集中兵力分守要塞，集中兵力准备打海，实在不行他们就打算退到海岛上。

因此，一些普通的州城府县基本上没有把守，或者说兵力微弱，看把明军大军压境，很多地方望风而遁。

刘肇基指挥着人马一路势如破竹，连取了饶平、云宵、漳溥、平和等几个县，大军直逼漳洲城下。

同时五万水师也是一路畅通无阻，开进了沙塘湾，占领了双鱼岛，与厦门隔海相望，但是漳州和夏门则驻有朱聿键的重兵。

朱由崧仍然水陆并进，分三路进攻唐王朱聿键，他采取的具体策略仍然剿抚并用，唐王现在自称隆武帝，拜郑芝龙为内阁首辅助加太子太保兼兵部尚书，拜黄宗羲龙途阁大学士内阁次辅，加太子少保，现在在的这个朱聿键就指望这二位混。

朱由崧让张献忠的带十万大军绕走赣州，然后南下直插福州，随军听用的大将基本上是还是原班人马，有李定国，祖克勇和马保，把刘文秀调出来任水师副统领随朱由崧出征。由于沐天波也不在，因此朱由崧将大将马万年和陆校调配给了张献忠麾下。

李自成还是原班人马，也让他统兵十万，走梅州过龙岩，攻取泉州，

第三路人马由朱由崧亲自统领，走沿海一带，目标是漳州和厦门，只有攻取了这两地，才能拿下金门岛，救郑鸿逵叔侄二人。他这路人马连御营算上共十一万人，包括五万水师，其余岸上的兵将共六万人。

朱由崧知道这是一场硬仗，关键是水战，郑芝龙大海盗头子，盘居福建沿海多年，水师实力雄厚，拥有上千艘战舰，不少于三万的水师，而且他海战经验丰富，手下有一帮铁哥们儿，都是海盗出身，他们曾经多次在海中击败过葡萄牙和荷兰两个海上霸主，因此朱由崧不敢小瞧这个强劲的对手，这也是这次他亲自要统兵作战的原因。

另外，考虑到李自成和张献忠这两路人马没有水战，因此朱由崧把熟悉水战的刘文秀也从张献忠那里调过来，刘文秀水里的本事仅次铁臂苍龙贺兆雄，据说此人在水里游泳如走平地，岸上的武艺也好，指挥作战有勇有谋，曾经是张献忠水师统领。

因此朱由崧把他调过来，作贺兆雄的副将，在水军的具体任职是水师都指挥同知，仍然由铁臂花龙贺兆雄任水军都指挥使。

朱由崧的水师发展很快。这些年朱由崧北驱鞑子，西讨伐李自成和张献忠的时候，水战不多，只是在长江流域和黄淮流域进行过几次水战，贺兆雄指挥的水师发挥了重要作用，没有水战的日子里，贺兆雄也没有闲着，按照朱由崧的部署，招蓦水师贤良，加紧操练水军，经过这两年的积蓄发展，现在朱由崧的水师实力非常雄厚，拥有五万精兵。