实际上，宇宙魔方的力量把他的肉体彻底摧毁，可是他的意识还在。

他的意识在无边无际的宇宙飘荡，不知道游荡了多久，他看到了太多的东西，宇宙的真相，有关于无限宝石的秘密……

最后他回到地球，找到了佐拉博士。

实际上，当初佐拉博士在里海营的实验室里骗了威廉他们。生化士兵计划刚开始并不是为了超级士兵的研究，而是为了给红骷髅创造出一个新的身体。

佐拉博士通过用红骷髅之前保存的dna进行生物实验，成功创造出了红骷髅的复制体，并且把真正红骷髅的意识转移了进去。

这是一个非常复杂而又危险的实验，但是最后实验成功了，红骷髅成功睁开了眼睛，就算这个身体是生化复制体，可是他的力量比之前更强大。

红骷髅回来后一直在暗中操控着一切，整个九头蛇中，只有极少部分的boss知道他回来的秘密。

亚历山大皮尔斯、吉迪恩马利克还有冯斯特拉克。

在红骷髅的命令下，九头蛇一直在暗中潜伏，隐藏在神盾局的阴影下不断壮大。

他通过冬日战士计划，去刺杀对他有危险的目标，不断影响世界的局势，获得自己对九头蛇的控制。

钢铁侠诞生后，他盯上了托尼斯塔克的技术。绿巨人出现后，他又想要抓住这个可怕的怪物。憎恶死后，他一直想要得到憎恶的尸体。

雷神来到地球后，他对毁灭者的技术很感兴趣。他一直想要重新夺回宇宙魔方，可是神盾局对于魔方一直是严加看守，知道雷神的威胁后，神盾局才开始第二阶段的计划。

纽约大战，他想要消灭整个复仇者联盟，所以他才让世界安理会去发射核弹。

纽约大战结束后，基里安带着复仇之火而来，他又盯上了绝境病毒。

……