进入南汉山城后，朝鲜国王李倧立刻任命总戎大将李曙守北门，李时白守西门，大将具宏守南门，申景禛守东城望月台，李显达为中军，全城朝鲜守军一万两千人，而此时清军前锋三百人已追至城下。

朝鲜国王发出号令斩杀清军一人，赏赐白银二十两。一切布置完毕后，朝鲜国王与大臣们为了如此祸事相互指责，最后，大家都无退兵办法，满庭臣僚，只能是无不痛哭。

二月二十四日，朝鲜军北门大将元斗杓率领敢死队出战，取得胜利，斩首清军六人，稳定了朝鲜军心。

清军入朝，军纪极坏。大军所到之处，一切都被抢掠一空，左右房屋及家具都被焚烧。朝鲜百姓死者在山野道路到处皆是。

后续的五千名清军轻骑兵一路攻击前进，击败黄州朝鲜军，随后大败朝鲜援军一万五千人。于正月十九日抵达南汉山城外围困住朝鲜国王。

另一方面，朝鲜嫔宫们则逃难到甲串津滩头，但无船可渡，连续两昼夜停留岸边，上下皆又冷又饿，浑身乏力。而其他逃难士民不知有多少，滩头到处都是苦等船只的人群，哀求哭泣只求一船。

不多时，大队马群奔跑踏地之声传来，恐怖感降临在滩头人群心头。清军骑兵终于赶到滩头，一转眼，滩头顿成人间地狱，铁蹄残踏，刀砍，矛刺。逃难人群或被八旗军抢掠为奴，或被杀死，或投海自尽。

朝鲜三道水师没有一人赴难，皆不敢与清军交战。只有忠清水使姜晋昕星夜驰援。率领百余艘战船与清军水师八十余船交战，清军施放大炮，姜晋昕座船被大炮命中数十处，他本人已被数支利箭射中。最后朝鲜水师兵败，全军皆散。

清军对朝鲜国王藏匿处南汉山城围而不攻，立长栅困之，把主要精力放在击败朝鲜援军上。

虽然朝鲜八道援军紧急增援，但于战事却作用不大。朝鲜南兵使徐佑申来援，大军在铁岭击败一支清军蒙古部队，朝鲜军大喜，立刻追击。

进入山间后遭遇蒙古军伏击，一时间万箭齐发，这支朝鲜援军几乎全被杀光。

平安监司洪某和使兵使柳琳的援军也在金化遭遇清军。