三千精锐随着陈友龙一齐被堵胤锡送入行都编入京营，分散打入各部，这样加上原来的九千人的京营战兵，战兵总数量达到了一万二千人。其中京营战兵的数量占据绝对的优势，一是方便同化，二是保证京营的绝对控制权。

有了一万两千精锐，朱由榔就将马步卒分为两个不满编镇，分别称为羽林镇、虎贲镇，每镇下辖精锐战兵六千，再招募两千辅兵列入军队编制，战、辅兵总数约八千。

余龙部和明军经制水师原本共有一两万人，经过严格筛选后，符合“战卒”标准的约有三千，符合“守卒”标准的有五千，为节约粮饷，其余全部被裁撤。

水师官兵中达到“战卒”的人数太少，如果只用“战卒”，走精兵政策，根本组建不了一镇水师，所以朱由榔干脆就将那五千达到“守卒”标准的水师营兵与那三千战兵合编，既负责战斗，也负责后勤，同时充当战兵和辅兵的职责，总数八千人编为一个不满编水师镇。称为伏波镇。

同时朱由榔将刘，李二部的一万五千精锐也都列入京营序列，西军人马与原侍卫亲军人马一样按照新军制四等军士级，进行考核筛选。最后一万五千余人，朱由榔又组建了两个不满编镇，分别称忠武镇、忠捷镇。将一万三千人一分为二，各取六千五百名战兵分编各镇，同时再从巡防营中选出四千五百辅兵，分编入两镇。这样每镇约有战、辅兵八千七百余人。

而西军中剩余两千余战兵与侍卫亲军中剩余的三千余军士，总数约六千，再从巡防营中抽调两千青壮，这样战、辅兵总数八千，又能混编成一个不满编镇，这一镇战力较前几镇为弱，所以列为第二梯队的厢营序列，开往广西，驻节桂林，分防各区，称为广西镇，正、副总兵听兵部和巡抚陈邦彦共同节制。

原来的包括四千左右广西狼兵的三万余巡防营，经过考核筛选，达到“守卒”标准的有六千余人（大部是广西狼兵），再从巡防营中选出两千余人做辅兵，总计九千人，组建广东镇，驻节行都，分守各区。剩下的巡防营军士，除派往别部做辅兵的，剩下的全部裁撤，不愿归家的安排到广西屯田，愿意回家的厚给盘缠和一定数额的抚慰钱。

原侍卫亲军中考核筛选得到的近三百勇卒，各个以一当五，清一色黑衣黑甲，各有轻重甲一副，把手铳一门，手盾一枚，锋利腰刀一把，斧枪一套，铁胎弓一张，弓弦四条，大箭五十枝，还额外配备战马一匹。近三百人建成一个独立的新的军事单位“都”，称为“定霸都”，半年一考核，不合格者立即清退。作为朱由榔的贴身卫队。

原来的两个以后起新秀卢世仁和葡兵首领杰西为首的两个共计约三千人的宫城护卫营，统编为一新营，称为“拱圣营”。

军事大整编后，行都共有一个独立定霸都，一个独立拱圣营，还有羽林、虎贲、忠武、忠捷四个陆师镇，一个伏波水师镇。共计四万五千余京营劲旅。

还有隶属于厢营系列的广西镇、广东镇，总兵力约一万七八千的样子。